OIST Innovation Incubatorには、創業初期のディープテックスタートアップの他、スタートアップ支援を行う企業や専門家、OISTと共同研究を行う企業、コラボレーションを希望する企業が入居しています。
| 企業名 | 事業内容 |
| ACI Research | 質量分析とITを駆使した次世代化学分析サービス |
| Atierra | 大気中のCO2回収プラットフォーム |
| BioAlchemy | 昆虫と菌を利用した有機残渣処理システムと発電菌を利用した次世代の排水処理装置 |
| FlatMinima | 大学の事務処理をサポートするためのソフトウェア開発およびサービス提供 |
| Greenleaf Global | バクテリオファージを用いた新規農作物保護剤を生産するためのプラットフォーム開発 |
| Kwahuu Ocean | イカ養殖技術の事業展開 |
| Metable | 健康状態の指標となる各種バイオマーカーの受託解析サービス |
| SND Regenic Pvt | 生体材料および3Dバイオプリンティング技術の事業展開 |
| Watasumi | 次世代型排水処理システムの製造・販売・ライセンシング |
| EF Polymer | 作物残渣から生まれた超吸水性エコフレンドリー・ポリマー |
| GenomeMiner | 微生物の遺伝子の中から、新薬等に活用可能な有用物質を生み出す原因遺伝子を特定するソフトウェアプラットフォーム |
| HerLifeLab | 更年期障害の個別化総合医療サービス |
| Osaka Heat Cool | 温冷錯覚を利用した痒み緩和デバイス |
| REPS Japan | サプリメント関連技術開発 |
| Sage Sentinel | AIによる高齢者の転倒予防のためのソフトウェア |
| Sylcast | 森林管理のセンサーとプラットフォーム |
| Vyorius | ドローン運用プラットフォーム |
| Ananthya | ヴィーガンレザーの研究開発 |
| Aranea | 食品残渣のアップサイクル |
| ARTH | 環境テクノロジーを活用した地域開発 |
| C Green | 生分解性オーガニックストローの開発販売 |
| Cultivera | 新型水耕栽培技術の開発 |
| ekei labs | 体内年齢測定技術 |
| esse-sense | 研究者に特化したメディアの制作・運営 |
| Globalway | プラットフォーム構築支援サービス、ITコンサルティング |
| H.K LAB. | 沖縄の在来柑橘の調査研究および、その他果樹類の新品種育成と栽培法新技術の開発 |
| Haitai | 沖縄産健康食品の開発と海外展開、沖縄の長寿に関するオンラインコンテンツの提供 |
| HAKKI | バックオフィス業務支援、事業開発支援 |
| Hanahana Works Okinawa | プログラミングスクール運営、スタートアップ支援 |
| HAPPY EARTH | SDGs関連イベントの企画運営 |
| Hayato Information | RFID関連製品の開発販売 |
| Iinioi | フレグランスの製造・販売・コンサルティング |
| Japan Premium Vegetable | ITグリーンハウスソリューション |
| Lequison | 人材採用支援事業 |
| Lifetime Ventures | プレシード/シード特化型のベンチャーキャピタル |
| Maneria | ITソリューション事業・環境関連事業 |
| Miratsuku | 共創プラットフォームの構築・情報基盤の生成 |
| MORPHEUS | 経鼻投与による薬物送達技術 |
| MTG Ventures | ベンチャーキャピタル |
| Recotech | 再生資源プラットフォームサービス |
| Relief Assist | 廃水処理関連商品の開発 |
| Ryukyu Asteeda Sports Club | 琉球アスティーダ運営 |
| Savory | 健康関連食品開発 |
| Shima and Co. | 健康関連食品開発 |
| Shonan | 赤ワイン用ブドウ「メイヴ」（新品種）の全国展開 |
| SPEC | ソフトウェア開発・コンサルティング・ネットワーク構築 |
| Think Nature | 生物多様性ビッグデータ |
| TYEO.JAPAN | 沖縄で持続可能な社会を創るビジネスコンサルティングとアップサイクル事業 |
