博士課程に在籍する学生はフルタイムで研究に専念することが求められています。そのためOISTでは博士課程の学生に対して、初年年間約252万円程度(課税対象)をリサーチ・アシスタントシップとして支給し、学業進捗に合わせて増額されます。こうした授業料相当額支援やパソコンの貸与のほか、 沖縄への最初の赴任支援、会議出席の旅費を「パッケージ支援」として受けられます。
学生への経済的支援制度を有する一方で、学生が学外の奨学金を申請することも強く奨励しています。本学のリサーチ・アシスタント制度として本学が提供する支援は、学外の奨学金と合わせ、リサーチ・アシスタントシップやティーチングフェローシップとして通常の学生が受ける経済支援を最低限として補償されます。
リサーチ・インターンシップ・プログラムの学生には、日額2,400円の実習手当、キャンパス内または近くの住居提供(県内の自宅から通う場合は住居提供の代わりに通学手当)、及び自宅または教育機関と沖縄間の往復航空券を支給しています。