これまでの研究によるニハイチュウ（二胚動物）の複数の系統学的位置

これまでの研究結果は限られたデータに基づいているためにニハイチュウの正確な系統学的位置の一致をみていない。左の図は1996年の解析結果であるが、二胚動物はムカデやセンチュウを含む脱皮動物（らせん卵割動物の姉妹群に当たる）に近いとされている。また中央の図は2010年の研究結果で、ここでは二胚動物はらせん卵割動物の中でミミズやヒルを含む環形動物に近縁とされている。さらに右の2010年のもう一つの報告では、二胚動物は、環形動物と軟体動物（貝、ナメクジ、イカなど）の両者に同じくらい近いものとしている。